[Forum SIS] R: Ieri su Repubblica
Fabio Divino
fabio.divino a unimol.it
Dom 3 Gen 2021 09:32:48 CET
Cara Clelia,
grazie per il puntuale chiarimento, condivido anche e soprattutto la tua
considerazione
sulla "precarietà" della strategia di rilevazione dei dati da parte del
dicisore (a tutti i
livelli).
Mi allineo alla proposta di Giovanna, proviamo a coordinarci e
"sporchiamoci le mani"
Ricambio gli auguri che estendo a tutti i soci
Cari saluti
Fabio Divino
Il 03/01/21 08:49, giovanna jona lasinio ha scritto:
> Cara Clelia
> Grazie della bella mail di condivisione con tutti noi. Chiarirci lei
> idee all'interno della nostra comunità è importantissimo perché poi ci
> permette di comunicare correttamente con il "resto del mondo". Io ne
> avevo bisogno ��
> Penso che come comunità, magari con l'aiuto della società civile,
> dovremmo chiedere che questa volta sia davvero appronta una
> rete/struttura di monitoraggio fatta bene. Pensiamo se far partire
> rapidamente una qualche azione (scrivere tutti ai giornali? Scrivere
> collettivamente?...)
> Buona giornata
> Giovanna Jona Lasinio
>
> Il dom 3 gen 2021, 00:39 Di Serio Clelia <diserio.clelia at unisr.it
> <mailto:diserio.clelia at unisr.it>> ha scritto:
>
> Cari tutti,
> volevo aggiungere alla discussione qualche nota non tanto
> statistica quanto inerente al concetto di vaccino, osservazioni
> condivise con la collega Lucia Lopalco immunologa con cui lavoro
> da tanti anni su immunologia dell'HIV.
> E' fuorviante pensare in generale che "il vaccino di fatto
> infetta chi lo riceve" (cit) perchè il principio su cui si basano
> la maggior parte dei vaccini, inclusi i cosiddetti "attenuati" ,
> è proprio il fatto che i virus vengano modificati e privati della
> loro capacità infettante mantenendo le loro proprietà immunogene
> (tra i piu' famosi rosolia/parotite). Pochi sono i vaccini che
> possono indurre un'infezione molto blanda senza però provocare
> malattia. E comunque il vaccino anti COVID-19 della Pfizer non è
> tra quelli proprio per come è costruito. Infatti è basato
> sull’RNAmessaggero che codifica per la proteina Spike e non può in
> alcun modo avere capacità infettante, in quanto non contiene
> alcuna informazione genetica relativa alla replicazione virale ma
> contiene solo e soltanto un “messaggio” per la cellula ospite che
> produce la stessa proteina Spike, la quale stimola il sistema
> immunitario a produrre anticorpi specifici contro la stessa
> proteina e non può quindi in alcun modo generare un processo
> infettivo.
> Quindi, come è stato detto, c'è il bisogno assoluto di mantenere
> alta la soglia di attenzione e prevenzione anche se vaccinati
> (sia dopo la prima che la seconda dose) perchè non ci sono ancora
> dati solidi sulla forza e durata di "neutralizzazione" degli
> anticorpi cosiddetti "neutralizzanti" nel soggetto vaccinato.
> Credo che la grande scommessa di questo vaccino sia proprio
> questa: il vaccino Pfizer protegge solo l'individuo dalla malattia
> (quanto e per quanto a lungo?) o anche la comunità (ovvero
> impedisce che il virus infetti i vaccinati ad un livello tale che
> possa essere anche trasmesso)? Solo nel secondo caso si potrebbe
> pensare al raggiungimento di un'immunità di gregge con un vaccino
> di massa, e solo qualora il vaccino resti stabile rispetto alle
> tante mutazioni. Nel primo caso no. Le domande sono molte e molto
> complesse come lo è tutta l'immunologia dei vaccini e siamo ancora
> in una prima fase post-marketing.
> A mio avviso sarebbe molto importante che come comunità statistica
> e biostatistica ci si coordinasse con le istituzioni sanitarie per
> costituire un campione statistico di "sorveglianza" sul vaccino,
> che permetta di acquisire una conoscenza maggiore e "misurare" le
> proprietà immunogeniche del vaccino (che dipenderanno anche molto
> da stratificazioni in base all'età e dalle comorbidità soprattutto
> per il vaccino Pfizer), e rilevare misurazioni longitudinali dei
> livelli di anticorpi, della eventuale carica virale degli
> eventuali vaccinati che si infettano, per poi capirne la capacità
> di trasmissione e monitorare il rischio che i vaccinati diventino
> una sorte di "asintomatici". Insomma tutte le informazioni
> cruciali che abbiamo ben visto come siano mancate nella fase I e
> continuino a mancare nella fase II proprio per l'assenza di dati
> rilevati su un campione adeguatamente disegnato aspetti che
> tutt'ora impediscono la stima dei parametri epidemiologici di
> questa patologia.
> Colgo l'occasione per mandare a tutte le colleghe e i colleghi un
> caro augurio di un 2021 che porti un po' di serenità e ci permetta
> di incontrarci e confrontarci di nuovo di persona oltre che sulle
> piattaforme virtuali.
> Clelia
>
>
>
>
> Clelia Di Serio,
> Full Professor in Medical Statistics and Epidemiology
> Director of University Centre for Statistics in the Biomedical
> Sciences ( CUSSB )i
> www.cussb.unisr.it- 0039022643 4872 (3844)
> Università Vita-Salute San Raffaele
> Via Olgettina 58
> 20132 Milan
> ITALY
>
> ________________________________________
> Da: sis-bounces at stat.unipg.it <mailto:sis-bounces at stat.unipg.it>
> <sis-bounces at stat.unipg.it <mailto:sis-bounces at stat.unipg.it>> per
> conto di Fabrizia Mealli <fabrizia.mealli at unifi.it
> <mailto:fabrizia.mealli at unifi.it>>
> Inviato: giovedì 31 dicembre 2020 17:54
> A: Annalisa Cerquetti
> Cc: SIS Lista; Michela Baccini
> Oggetto: Re: [Forum SIS] Ieri su Repubblica
>
> Ciao Annalisa,
> L'Agenzia italiana del farmaco è chiara su questo punto: "Gli
> studi clinici condotti finora hanno permesso di valutare
> l’efficacia del vaccino COVID-19 mRNA BNT162b2 (Comirnaty) sulle
> forme clinicamente manifeste di COVID-19 ed è necessario più tempo
> per ottenere dati significativi per dimostrare se i vaccinati si
> possono infettare in modo asintomatico e contagiare altre
> persone. Sebbene sia plausibile che la vaccinazione protegga
> dall’infezione, i vaccinati e le persone che sono in contatto con
> loro devono continuare ad adottare le misure di protezione anti
> COVID-19".
> Lo studio Pfizer e pare anche quello Moderna (uscito 5 ore fa)
> dimostrano che il vaccino protegge dalla malattia COVID19 (intesa
> come malattia sintomatica), ma non è stato verificato che protegga
> dal contrarre l'infezione in forma asintomatica. Ci auguriamo che
> non sia questo il caso ma è molto importante che questo aspetto
> sia chiaro al grande pubblico perché cambia la prospettiva
> dell'utilità della vaccinazione. Ci si vaccina per proteggere noi
> stessi e si spera che questo serva anche a proteggere gli altri.
> Ma visto che al momento non ci sono evidenze scientifiche su
> questo, si devono comunque adottare misure di protezione. Insomma
> il vaccino non ci libererà dal giogo del distanziamento sociale
> ancora per un po'. Credo che affrontare gli argomenti in modo
> chiaro e senza alimentare la polarizzazione delle posizioni sia il
> miglior strumento per non generare e alimentare diffidenze.
> Tanti auguri di buon anno!
> Michela
>
> --
> Michela Baccini
> Dipartimento di Statistica, Informatica, Applicazioni - Università
> di
> Firenze<https://www.google.com/maps/search/Firenze+Viale+Morgagni+59+50134+Firenze?entry=gmail&source=g>
> Viale Morgagni 59 50134
> Firenze<https://www.google.com/maps/search/Firenze+Viale+Morgagni+59+50134+Firenze?entry=gmail&source=g>
> email: michela.baccini at unifi.it
> <mailto:michela.baccini at unifi.it><mailto:michela.baccini at unifi.it
> <mailto:michela.baccini at unifi.it>>, michela.baccini at gmail.com
> <mailto:michela.baccini at gmail.com>
> <mailto:michela.baccini at gmail.com <mailto:michela.baccini at gmail.com>>
>
>
> Il giorno gio 31 dic 2020 alle 16:39 Annalisa Cerquetti
> <annalisa.cerquetti at gmail.com
> <mailto:annalisa.cerquetti at gmail.com><mailto:annalisa.cerquetti at gmail.com
> <mailto:annalisa.cerquetti at gmail.com>>> ha scritto:
> Ma perche' un vaccino dovrebbe proteggere da un'infezione?
> Non e' una contraddizione in termini?
>
> Un vaccino, per quanto sofisticato come quello a mRNA della
> Pfizer/BioNTech, di fatto "infetta" chi lo riceve, ovvero
> introduce una versione attenuata, o una porzione, o addirittura
> come in questo caso, un "messaggio" in grado di produrre una
> proteina, del virus stesso.
>
> Per questo, per il grande pubblico, e soprattutto per convincere
> gli scettici, temo possa essere fuorviante anche parlare di
> probabilita' di "infettarsi E ammalarsi".
> Il punto non e' il rischio di infezione, che in uno studio
> randomizzato e' ovviamente assunto uguale per vaccinati e non
> vaccinati, e nella realta' da tutto dipende meno che dall'aver
> fatto o no il vaccino, ma la capacita' del vaccino, attraverso il
> suo meccanismo, di "attrezzare" il sistema immunitario a
> combattere la malattia che il corpo sviluppera' in risposta
> all'infezione, se questa arrivera'.
>
> A.
>
>
>
>
>
>
>
>
> On Thu, Dec 31, 2020 at 3:07 PM Fabrizia Mealli
> <fabrizia.mealli at unifi.it
> <mailto:fabrizia.mealli at unifi.it><mailto:fabrizia.mealli at unifi.it
> <mailto:fabrizia.mealli at unifi.it>>> wrote:
> Cari tutti,
>
> Sperando di fare cosa gradita in fondo a questa mail potete
> trovare la nota che abbiamo scritto per i nostri studenti di
> Statistica per fare un po’ di chiarezza sulle misure di efficacia
> negli studi sperimentali e in quelli sui vaccini in particolare.
> Una versione più estesa e completa apparirà su Unifi Magazine a breve.
> Se siete interessati, contributi dei ricercatori del DISIA si
> possono trovare qua:
> https://www.disia.unifi.it/vp-269-ricerca-disia-su-covid-19.html
>
> Un caro saluto e auguri per un 2021 più tranquillo!
>
> Fabrizia
>
>
> ================================================
> Misure statistiche per valutare l'efficacia di un vaccino e più in
> generale di un trattamento medico.
> Di seguito, con riferimento alla discussione relativa
> all'efficacia del vaccini Pfizer, riportiamo due punti
> fondamentali che dovrebbero essere sempre ben definiti quando si
> procede ad un'analisi statistica:
> 1) Definire la variabile di risultato: il vaccino è stato valutato
> in base al rischio di ammalarsi di COVID-19, ovvero in base al
> rischio di infezione sintomatica; contrariamente a quanto in modo
> superficiale è stato detto, non è stato valutato in base al
> rischio di infezione da SARS-CoV-2 (e nemmeno rispetto al rischio
> di conseguenze gravi della malattia, come la morte). Dunque,
> facendo riferimento allo studio Pfizer, gli 8 su 17’411 soggetti
> vaccinati e i 162 su 17’511 soggetti non vaccinati sono individui
> che si sono infettati E hanno manifestato almeno un sintomo;
> 8/17’411=0,046 % è dunque la stima della probabilità di infettarsi
> E ammalarsi se vaccinati (46 malati ogni 100'000 vaccinati) e
> 162/17’511=0,925 % (925 malati ogni 100'000 non vaccinati) è la
> stima della probabilità di infettarsi E ammalarsi se NON
> vaccinati. In altre parole, gli individui che hanno contratto una
> forma asintomatica dell'infezione non sono conteggiati tra i casi.
> Dato che essi non entrano nel calcolo delle due probabilità, lo
> studio Pfizer al momento non dà informazione circa la probabilità
> di contrarre l'infezione da SARS-Cov-2, ovvero di contrarla in
> qualsiasi sua forma, inclusa quella asintomatica.
> L’importanza del punto (1) sta nel fatto che il vaccino, almeno in
> base alle informazioni fino ad ora pubblicate, non è detto che
> protegga dall’infezione ma solo dallo sviluppo della malattia, ed
> è per questo che le persone vaccinate devono continuare ad
> utilizzare i dispositivi di protezione e osservare regole di
> distanziamento, per proteggere se stesse e gli altri. Si vedano su
> questo i punti 11 e 31 del vademecum AIFA
> (https://www.aifa.gov.it/domande-e-risposte-su-vaccino-covid-19-comirnaty?fbclid=IwAR02-CnPcjO8IS9A_KOJj5K1SFJO1dcz1lDcE1UYyN7LCPV7iXjIL9bsW7M)
> 2) Definire l'effetto causale e le misure di efficacia: Come
> vengono confrontate le due probabilità calcolate al punto
> precedente (che si chiamano anche rischi) per produrre una misura
> di efficacia? Usualmente se ne fa il rapporto, stimando il
> cosiddetto rischio relativo. In questo caso 0,925/0,046 = 20.11.
> Significa che una persona NON vaccinata ha una probabilità di
> infettarsi E ammalarsi 20 volte maggiore rispetto ad una persona
> vaccinata; specularmente 0,046/0,925 =0,05 ovvero una persona
> vaccinata ha un rischio di infettarsi E ammalarsi che è solo pari
> al 5% dello stesso rischio per una persona NON vaccinata. Come si
> arriva al 95% di efficacia di cui si parla e quale è il suo
> significato? Ci si arriva calcolando 100%-5%. Questa è la
> cosiddetta frazione attribuibile di malattia: il 95% delle persone
> che si sarebbero infettate E ammalate se non vaccinate NON si
> ammalano se vaccinate.
> Stando a questi numeri, di 100 infezioni sintomatiche, il vaccino
> ne può evitare 95. Di 1’000 ne può evitare 950 e così via. Se
> rapportiamo questi numeri al totale della popolazione, come
> qualcuno ha fatto, ci accorgiamo che i casi sintomatici
> risparmiati sono una piccola percentuale del totale degli
> individui nella popolazione, ma questo non significa che il
> vaccino sia poco efficace. Dato che i vantaggi in termini
> assoluti, ovvero in termini di numero di casi evitati, dipendono
> dal profilo di rischio COVID-19 della popolazione e dalla
> diffusione del contagio nella popolazione, la messa a punto di un
> piano vaccinale dovrebbe essere valutata con riferimento al
> contesto specifico.
>
>
> Il giorno mar 29 dic 2020 alle ore 19:33 Alessandra Petrucci
> <alessandra.petrucci at unifi.it
> <mailto:alessandra.petrucci at unifi.it><mailto:alessandra.petrucci at unifi.it
> <mailto:alessandra.petrucci at unifi.it>>> ha scritto:
> Car* Tutt*,
>
> per dovere di cronaca riporto la risposta della task force (anche
> se non ci sono statistici almeno per ora) dell'Università di Firenze
>
> https://firenze.repubblica.it/cronaca/2020/12/29/news/firenze_contro_il_prof_anti-vax_insorge_l_universita_-280241567/
>
> Un saluto,
> Alessandra Petrucci
>
>
> Il giorno mar 29 dic 2020 alle ore 15:59 Annalisa Cerquetti
> <annalisa.cerquetti at gmail.com
> <mailto:annalisa.cerquetti at gmail.com><mailto:annalisa.cerquetti at gmail.com
> <mailto:annalisa.cerquetti at gmail.com>>> ha scritto:
> Cari tutti,
>
> solo per segnalare, a proposito di ruolo degli statistici e
> visibilita' delle nostre competenze, che ieri diversi quotidiani
> nazionali e relativi siti web hanno dato risalto a questa notizia
>
> https://firenze.repubblica.it/cronaca/2020/12/28/news/il_prof_di_intermieristica_io_non_mi_vaccino_-280180171/
>
> Un Associato MED45 di Firenze sconfessa su Facebook la correttezza
> dello studio di Pfizer/BioNTech pubblicato su NEJM che ha dato il
> via libera alla campagna vaccinale
>
> https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2034577
>
> Annalisa
>
>
>
>
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> Sis at stat.unipg.it
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> Fabrizia Mealli, PhD
>
> Professor of Statistics
> Department of Statistics, Computer Science, Applications "Giuseppe
> Parenti" - University of Florence
> http://local.disia.unifi.it/mealli/
>
> Director of the Florence Center for Data Science
> http://datascience.unifi.it/
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Fabio Divino, PhD
Associate Professor of Statistics, Probability and Computational Methods
Laboratory of Biostatistics and Computational Epidemiology "StatGroup-19"
Division of Physics, Computer Science and Mathematics
Department of Biosciences
University of Molise
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