Avviso di seminari su: GENETICA E STATISTICA - Universita' di Pavia

["Leonardo Bottolo" <lbottolo@eco.unipv.it>]

UNIVERSITA' DEGLI STUDI DI PAVIA
DIPARTIMENTO DI ECONOMIA POLITICA E METODI QUANTITATIVI
DIPARTIMENTO DI MATEMATICA "F.CASORATI"
DOTTORATO DI RICERCA IN MATEMATICA E STATISTICA
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          GENETICA E STATISTICA: APPLICAZIONI ALL'ANALISI DI
            DATI MICROARRAY E ALL'IDENTIFICAZIONE FORENSE



Giovedi' 5 dicembre, alle ore 14.00, nell'aula del Consiglio di Facolta',
Dipartimento di Economia Politica e Metodi Quantitativi (via San Felice 5,
Pavia)


                          ANNIBALE BIGGERI
                           (Universita' di Firenze)


terra' un seminario dal titolo:


     A HIERARCHICAL BAYESIAN MODEL TO STUDY TEMPERATURE-DEPENDENT
   VARIATION OF SEQUENCE-SPECIFIC HYBRIDIZATION TO cDNA MICROARRAY


Abstract:

In genetic expression studies being able to distinguish signal variation
due to different sequences among individuals - reflecting genetic
polymorphism - is a matter of paramount importance. Hence, an open issues
in microarray experiments, whose genomic sequence is not identical to the
one used to design the probes printed in the array, is the extent of
signal variation related to sequence specificity or cross-hybridisation.
To address these topics, we designed a microarray experiment on two
strains of yeast whose genomes show differences in the genomic sequences.
S228c (L from now on) and a wine strain isolated from Montalcino grapes
(M from now on), were allowed to hybridise to a microarray. Three
different hybridisation temperatures (50° C, 55° C, 60° C) were used.
The extent of signal variation between L and M at different temperatures
can reflect two distinct issues: differences in the sequence of the
experiment sample and cross hybridisation among highly homologous sequences.
In the present work we first conduct the "standard" single array analysis,
using the Newton et al. (2001) method, after having normalized the data,
see Yang et al. (2001). Later, we propose a Hierarchical Bayesian model
to analyse simultaneously  all slides. The model allows to normalise the
data and adjust for temperature-related differential hybridization and
cross- hybridization. Finally, a mixture model is defined for the
gene-strain effect.



                            JULIA MORTERA
                        (Universita' di Roma Tre)


terra' un seminario dal titolo:


     SISTEMI ESPERTI PROBABILISTICI PER L'IDENTIFICAZIONE FORENSE
                       ATTRAVERSO I PROFILI DEL DNA


Abstract:

Vengono presentati alcuni esempi provenienti da casi reali al fine di
illustrare un nuovo approccio per risolvere problemi complessi nell'
identificazione della paternità e per casi criminali, attraverso i
profili del DNA. Il procedimento consiste nel riformulare il "pedigree"
di riferimento come un sistema esperto probabilistico. Esempi di casi
che sono stati risolti utilizzando questa metodologia sono: situazioni
in cui mancano i profili del DNA di uno o più componenti del pedigree;
casi in cui si deve considerare la possibilità di mutazioni genetiche
ed anche casi in cui i profili DNA sono delle misture di materiale
genetico da più di un individuo.




Durante il seminario sarà offerto ai partecipanti un piccolo rinfresco.


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Statistica e' possibile scrivere a:

lbottolo@eco.unipv.it

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